Atualmente composta por vinte membros eleitos pelos três segmentos que compõem a comunidade da Feagri: docentes, discentes e servidores técnicos e administrativos, a Congregação reúne-se bimestralmente a partir do mês de fevereiro, para deliberar sobre assuntos de superior interesse da Faculdade, de acordo com a Deliberação CONSU-A-02/2005, destacando-se dentre eles:
- a elaboração da listra tríplice para escolha do Diretor, a ser submetida ao Reitor, contemplando, necessariamente, o valor e resultado de consulta à comunidade;
- a elaboração e alteração do Regimento da Unidade e dos Regimentos Internos dos seus órgãos internos;
- a criação ou extinção dos Conselhos Integrados de Ensino, Pesquisa e Extensão;
- a criação, extinção ou fusão das Áreas de Concentração, Laboratórios, Núcleos Internos ou quaisquer outras modificações na estrutura administrativa, de ensino, pesquisa e prestação de serviços da Unidade;
- a aprovação do relatório anual de atividades da Faculdade e do relatório bienal dos Conselhos Integrados de Ensino, Pesquisa e Extensão;
- demais assuntos de sua competência, nos termos da legislação superior da Universidade.
