A presente proposta procura evidenciar a complexidade das questões envolvendo o agronegócio brasileiro ao discutir as condições para implantação de Sistemas de Preservação de Identidade (SPI) de grãos que atendam às exigências originadas a partir da difusão de cultivares geneticamente modificadas no Brasil. A dificuldade não reside apenas nos custos e nos impactos diferenciais da implantação desses sistemas nas distintas regiões produtoras/exportadoras de grãos do País, mas também na constatação das limitações originadas pela inércia criada pelo processo de commoditização das exportações associada aos procedimentos utilizados para garantir as mesmas em condições de fragilidade da infraestrutura de transporte e armazenagem. Isto posto, o objetivo desta pesquisa é analisar o efeito da segregação do milho na logística de transporte e armazenagem do Brasil, especialmente do milho geneticamente modificados, a partir das diretrizes do Protocolo de Cartagena de Biossegurança (PCB), bem como os desdobramentos na competitividade no mercado internacional. O tratamento do problema proposto exige a busca de novas ferramentas analíticas e simulação de cenários. Assim, a proposta é desenvolver um modelo de equilíbrio espacial apresentado sob a forma de um Problema de Complementaridade Mista (PCM).