O presente estudo visa avaliar as oportunidades, desafios e obstáculos para o desenvolvimento tecnológico visando a utilização sustentável e rentável da biomassa no Brasil. Já existe um amplo conhecimento acerca dos parâmetros técnico científicos que envolvem a implementação de projetos que utilizam inovações no campo da bioenergia, especificamente no campo da segunda geração. Todavia, em função do processo intenso de mudança que vem ocorrendo em todas as áreas de bioenergia, novos desafios emergem assim como obstáculos que só podem ser superados com base no conhecimento de como ocorre, em diferentes segmentos da cadeia produtiva do setor, a relação entre novas tecnologias e tecnologias existentes, o papel dos requisitos de sustentabilidade em cada etapa, seus efeitos conjuntos na rentabilidade esperada das inovações tecnológicas.